基于稀疏自编码器的细胞类型反卷积模型SMCTD 设计与实现

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摘要:单细胞 RNA 测序已成为研究生物学重要特征的强大高分辨率工具。然而,其测序条件苛刻,价格成本高昂。目前细胞类型反卷积能够很好地解决这些限制问题,SMCTD(Sparse Model Cell Type Deconvolution) 使用稀疏自编码器优化TAPE(Tissue-AdaPtive autoEncoder) ,使其在直肠癌和PBMC模拟数据上预测细胞类型比列具有更高的灵敏度、准确性和整体性能,同时在预测细胞类型特异性基因表达上表现更优。(剩余5525字)

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