串联重复序列比对的位置筛选方法

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摘 要：串联重复序列是基因组构建的困难片段，由于其重复单元之间的相似性与其拷贝数的不确定性，在序列比对时容易定位到多个候选位置，如何快速而准确地筛选出正确的比对位置是一项挑战。现有方法使用种子（从测序片段中选取的短序列）来定位并扩展候选比对位置，但挑选种子时未考虑串联重复序列特性。因此，提出了一种串联重复序列比对的位置筛选方法，其通过计算稀有kmer（长度为k的子序列）序列的相似性来筛选比对结果。（剩余13841字）

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