基于全基因组重测序分析雷州山羊群体遗传多样性和群体结构

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摘要：旨在解析雷州山羊的群体遗传多样性和遗传结构，为其种质资源的保护与可持续利用提供理论依据。本研究采集了20只雷州山羊的血液样本进行了全基因组重测序，平均测序深度约为 10× ，同时从NCBI数据库下载了43头山羊的全基因组数据（包括云上黑山羊、金堂黑山羊、济宁青山羊、西藏山羊和隆林山羊）。基于全基因组数据，利用PopLDdecay软件进行了连锁不平衡（LD）分析；利用Plink 软件计算了个体间遗传距离（IBS），并通过GCTA软件构建亲缘关系矩阵;此外，采用Plink软件进行主成分分析（PCA），利用Phylip软件构建邻接法（NJ）系统发育树，并通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析及可视化，评估山羊群体的群体结构和遗传多样性。（剩余28666字）