基于16S rRNA全长高通量测序分析桶子鸡中细菌多样性

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摘要 ［目的］研究不同加工过程桶子鸡所携带的微生物多样性及菌落组成。［方法］采用PacBio三代全长高通量测序技术，对桶子鸡样本所携带细菌的16S rRNA的V1-V9区进行测序后进行统计分析。［结果］共获得67 287条有效序列，2 300个OTU数目，不同加工环节的桶子鸡中细菌群落存在差异。在门水平上，共获得15个细菌门，优势菌主要为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、异常球菌-栖热菌门（Deinococcus-Thermus）、疣微菌门（Verrucomicrobia）；在属水平上，共获得250个细菌属，优势菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、环丝菌属（Brochothrix）、中慢生根瘤菌属（Mesorhizobium）、Janthinobacterium、黄杆菌属（Flavobacterium）、希万氏菌属（Shewanella）、Kaistella、冷杆菌属（Psychrobacter）；在种水平上，共获得621个细菌种，优势菌种为Sediminibacterium magnilacihabitans、慢生根瘤菌sp011516665、Bradyrhizobium sp011516665、Pseudomonas fragi、干酪巨球菌（Macrococcus caseolyticus）、希瓦氏菌（Shewanella baltica）等。（剩余15752字）