克氏原螯虾的三代转录组测序分析

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摘要：为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾（Procambarus clarkii）的转录组信息，采用PacBio平台的单分子实时测序技术（SMRT），对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全长转录组测序，获得克氏原螯虾的全长转录本文库。首先，使用TRIzol法提取总RNA合成双链cDNA用于SMRTbell建库和测序，利用SMRT分析套件进行插入片段识别，Reads分类、聚类和校正，利用BUSCO单拷贝同源数据库对其进行组装的完整性评价，通过使用CD-HIT软件，将序列进行去冗余分析，最后利用公共数据库NR、NT、SwissProt、KOG、GO、Pfam及KEGG对克氏原螯虾转录本进行功能注释。（剩余9709字）