基于转录组数据的湿地松密码子使用偏好性分析

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摘要：研究湿地松转录组编码序列的密码子使用偏好性，明确密码子使用频率，探究湿地松异源表达受体的最佳选择，为湿地松分子育种奠定基础。以筛选到的13 932条湿地松转录组编码序列（coding sequence，CDS）为研究对象，利用CodonW 1.4.2、EMBOSS在线分析程序、MEGA 7等软件进行湿地松密码子组成分析，计算同义密码子相对使用度（relative synonymous codon usage，RSCU）、不同位置GC含量和有效密码子数（effective number of codon，ENc）等指标，同时展开中性绘图分析和偏倚性分析等，系统地探究影响密码子偏好性的主导因素，从而筛选出最优密码子，并选择合适的遗传转化受体。（剩余14021字）