基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构

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摘  要： 旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构，以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡（n=57）、大围山微型鸡（n=20）、尼西鸡（n=11）和独龙鸡（n=10）群体的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism， SNP），以群体观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态性标记比例（PN）、核苷酸多态性（Pi）、次等位基因频率（Maf）以及连锁不平衡（linkage disequilibrium， LD）衰减情况分析群体遗传多样性；使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构；以群体分化指数（Fst）评估品种间的分化程度，以状态同源（identity by state， IBS）、G矩阵和群体近交系数（FROH）分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。（剩余24995字）