基于简化基因组测序（Super-GBS）的子午岭黑山羊保种群遗传结构评估

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摘 要： 旨在分析子午岭黑山羊的群体遗传多样性和亲缘关系以及家系结构，为子午岭黑山羊的保护和利用提供依据。本研究通过简化基因组测序（super-genotyping by sequencing，Super-GBS）技术对99只（10公/89母）成年子午岭黑山羊进行全基因组SNP检测。利用Plink软件计算观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、核苷酸多样性（Pi）、有效等位基因数（Ne）及次要等位基因频率（MAF）等6项遗传多样性指标；GCTA软件进行主成分分析及基因组亲缘关系G矩阵构建；Plink软件构建IBS遗传距离矩阵，R语言绘制热图；PHYLP构建系统发育树；detect RUNS工具检测ROH。（剩余18451字）