基于加权基因共表达网络探索胃“炎-癌”转化的关键基因、生物学过程及靶向中药预测

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摘要:目的采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)结合RT-qPCR实验验证探讨胃“炎-癌”转化的关键分子生物学机制,并预测治疗胃“炎-癌”转化的潜在中药。方法(1)通过GEO数据库下载基因芯片数据集GSE2669,通过WGCNA判别与胃“炎-癌”转化相关的基因集模块,并绘制各相关模块的表达变化趋势;以Reactome数据库为背景,对各模块中的基因分别进行富集分析,探索其生物学功能;通过STRING网站构建胃“炎-癌”转化相关基因集模块的蛋白互作(PPI)网络,使用最大团中心性(MCC)算法筛选各模块中评分最高的3个基因作为关键(Hub)基因。(剩余25170字)

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