基因型特征提取方法影响基因组选择预测准确性的研究

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摘 要：旨在探索并评估6种不同的单核苷多态性（single nucleotide polymorphisms，SNP）基因型特征提取方法。本研究分析比较了6种方法：主成分分析（principal component analysis，PCA）、基因主成分分析（gene-principal component analysis，gene-PCA）、SNP位点间皮尔逊相关系数（SNP-pearson correlation coefficient，SNP-PCC）、连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD）、全基因组关联分析（genome-wide association study，GWAS）和随机抽样（random sampling，RS），在两组数据（北京鸭，542个样本，SNP位点数39932；杜洛克猪，2549个样本，SNP位点数230884）3组表型（北京鸭体长（body length）、杜洛克猪背膘厚（backfat thickness）和乳头数（teat number））上的GEBV预测准确率。（剩余16041字）