基因型特征提取方法影响基因组选择预测准确性的研究

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摘 要:旨在探索并评估6种不同的单核苷多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)基因型特征提取方法。本研究分析比较了6种方法:主成分分析(principal component analysis,PCA)、基因主成分分析(gene-principal component analysis,gene-PCA)、SNP位点间皮尔逊相关系数(SNP-pearson correlation coefficient,SNP-PCC)、连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)、全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)和随机抽样(random sampling,RS),在两组数据(北京鸭,542个样本,SNP位点数39932;杜洛克猪,2549个样本,SNP位点数230884)3组表型(北京鸭体长(body length)、杜洛克猪背膘厚(backfat thickness)和乳头数(teat number))上的GEBV预测准确率。(剩余16041字)

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