依赖于NRF2的lncRNA-mRNA共表达网络的全基因组识别及其在非小细胞肺癌进展中的作用

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摘要：目的  研究长链非编码 RNA（lncRNA）在mRNA和蛋白质水平上调节肺癌的发病和进展。方法  从TCGA数据库下载486例非小细胞肺癌（NSCLC）及50例正常组织样本的RNA-seq数据，通过GEO数据库提取NRF2依赖性转录组以及3组NRF2-KD肺癌A549细胞系和3组用于免疫沉淀的对照细胞和NRF2激活下的NRF2-KD和A549细胞；利用ChIP-seq数据寻找上游10 kb和下游3 kb之间的启动子相关的峰值基因；使用TopHat2改进差异基因表达，再利用edgeR软件标准识别不同表达的lncRNA；对DE lincRNA 和NRF2分别进行功能富集分析（GO、KEGG、Reactome途径）；使用Cytoscape3.7.2对TCGA中550例NSCLC样本进行lncRNA-mRNA共表达分析；最后对上调和下调基因进行Kaplan-Meier生存分析。（剩余17246字）