基于生物信息学分析肝细胞癌中lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络

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摘要：目的  生物信息学方法分析肝细胞癌（HCC）中差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA并构建相关调控网络。方法  采用R软件分析癌症基因组图谱（TCGA）数据库中374例HCC组织与50例癌旁组织中差异表达的基因，FunRich软件分析差异表达miRNAs的转录因子，FunRich软件结合Starbase和MiRDB数据库分析miRNAs的靶基因，预测的靶基因与差异表达的mRNAs进行交叉匹配;通过基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对mRNAs和miRNAs进行功能富集分析;使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作图（PPI）;Starbase数据库分析miRNAs的上游lncRNAs，Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。（剩余14294字）