东江水系大刺鳅线粒体基因组研究

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摘要：采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组（mtDNA）测序，使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对，了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明：东江大刺鳅mtDNA总长度为16 493 bp，具有明显的AT碱基偏好性（54.4%），共37个编码基因（蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和tRNA基因22个）和2个非编码区（OL区和D-loop区），9个编码基因分布在轻链（L链）上、28个编码基因位于重链（H链）上；存在9处不同长度的基因间隔区，间隔长度为1～5 bp不等；存在6处基因重叠，位于ATP8和ATP6间的基因重叠最大，长度为10 bp；OL区位于tRNAAsn和tRNACys之间，长度为30 bp可以折叠成茎环二级结构，其茎区序列（5'-3'）为TCCCCGCC/AGGGGCGG，环区长度为13 bp；D-loop区位于tRNAPro和tRNAPhe基因之间，序列长度为871 bp，分为终止序列区（TAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）3个区域；13个蛋白编码基因中，COI的起始密码子为GTG，其他均为ATG，终止密码子包括TAG（COI）、TAA（ATP8、ND1、ND4L、ND5、ND6）和不完整终止密码子TA（COIII、ND2、ATP6）、T（COII、ND3、ND4、Cyt b）4种；22个tRNA基因中，除了tRNASer（AGC）外其余都能折叠成典型的三叶草结构。（剩余12107字）