基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素

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摘 要： 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征，深入理解影响产蛋性能的因素，为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡（35周龄，15公，20母）和30只健康江汉鸡（35周龄，10公，20母）的血液组织各3 mL提取DNA，采用全基因组重测序方法建库测序。首先，对于原始测序数据用trimmomatic 软件过滤，获得高质量序列比对到鸡的参考基因组，GATK软件提取变异位点SNPs，设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点，进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。（剩余21540字）