基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

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摘要：目的 通过应用全基因组测序（whole genome sequencing， WGS）技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌（carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii， CRAB）的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月重症监护病房（Intensive care unit， ICU）、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序， 应用基因组流行病学中心（Center for genomic epidemiology， CGE）ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作热图，应用毒力因子数据库（virulence factors of pathogenic bacteria， VFDB）VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树（maximum likelihood tree， MLT）以分析其同源性。（剩余16231字）