转录组分析中批次效应的检测与矫正

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摘要 随着测序数据的持续积累和单细胞转录组测序的广泛应用，超大规模转录组数据集的整合，为后基因组时代提供了新的机遇和挑战．其中，不同数据集具备的时空异质性和测序平台带来的系统误差导致的批次效应，对转录组分析的有效性产生了极大影响，干扰了真实的生物学差异的研究．本文介绍了转录组分析中批次效应的产生原因和检测方法，并对基于参数估计和非参数的矫正模型以及针对革细胞转录组的整合算法进行了总结．结合主流的分析方法，给出批次效应矫正的实践建议，为相关转录组研究的综合分析提供参考意见，

关键词 转录组分析；批次效应；批次效应矫正

中图分类号0332 DOI：10.12202/j.0476-0301.2023120

0引言

高通量测序技术，或称下一代测序技术（next-generation sequencing，NGS）在过去20年中迅猛发展，与很多创新性技术和分析方法结合，帮助研究者更好地解释复杂的基因组．高通量预测技术允许研究人员进行更加广泛的探索，其中基于RNA测序（RNAsequencing，RNA-seq）的转录组学应用从10年前开始发展，并迅速成为研究基因表达的重要工具，加深了人们对基因组的理解．同时，大量的研究也积累了海量的测序数据，为整合分析带来了机遇。（剩余11151字）