硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析

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摘要：以硬头黄竹叶绿体基因组为研究对象，使用CodonW、CUSP以及R语言等软件分析密码子偏好性形成的主要原因。结果表明：（1）硬头黄竹叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39.59%，且GC1＞GC2＞GC3，表明密碼子偏好使用以A/U结尾的碱基；（2）硬头黄竹大多数有效密码子数（ENC）在35以上，适应指数（CAI）为0.166，说明其密码子偏好性较弱；（3）中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析表明，自然选择对硬头黄竹叶绿体基因组密码子使用偏好性产生重要影响；（4）最终筛选出硬头黄竹叶绿体基因组有GCA、GCU、GAU、GGU及AAA等14个最优密码子，多数以A/U结尾。（剩余7188字）

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