基于简化基因组测序技术的油茶SNP标记开发及指纹图谱构建

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摘 要：【目的】基于简化基因组，挖掘油茶单核苷酸多态性（SNP）位点，筛选可用于油茶种质鉴定的简化SNP组合位点，构建SNP指纹图谱，建立一种快速准确鉴定广西油茶主栽良种苗木的SNP分子标记方法。【方法】以12个油茶无性系种质的两个重复共24份油茶标准样本为材料，采用ddRADseq流程进行文库构建，使用BWA将过滤后的测序数据比对到已发布的南荣油茶Camellia oleifera var. “Nanyongensis”参考基因组上，利用GATK进行SNP位点筛选，ANNOVAR软件进行SNP位点注释，STRUCTURE软件进行群体结果分析，使用PLINK进行主成分分析；利用R语言，使用条件随机筛选法（CRS），筛选能够区分出油茶种质的最简SNP组合，绘制指纹图谱。（剩余19725字）