基于转录组数据的红三叶密码子使用偏好性分析

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摘要：研究红三叶（Trifolium pratense L.）叶片的密码子使用偏好性，可为优化密码子组成奠定基础。研究通过CodonW，R，CUSP等软件对红三叶叶片转录组中5 513条编码序列进行密码子使用模式和偏好性分析。研究发现，GC3与GC12相关性较弱，表明选择压力对其密码子偏好性的选择有一定的作用；ENC-plot分析中，大多数密码子偏好性相对较弱，表明选择压力是偏好性的主要来源，少数的基因在期望曲线两侧均衡散布，表明部分基因受突变压力的作用；密码子适应度值（Codon adaptation index，CAI）分析可知，基因表达水平对密码子偏好性产生过程具有一定影响作用，CAI为0.201，表明密码子偏好性比较弱。（剩余11814字）